Les rapports complexes qu’entretiennent la protection des droits fondamentaux et la lutte contre le terrorisme renvoient à la manière de lutter efficacement contre le terrorisme sans se livrer, au nom de l’intérêt sécuritaire, à une violation des droits fondamentaux des individus. La présente thèse a précisément pour objectif de s’interroger sur la dualité de tels rapports en droit français, déjà perceptible dans la définition même de la Stratégie antiterroriste européenne adoptée en 2005, laquelle laissait apparaître la nécessité de s’interroger sur l’adéquation et la proportionnalité des mesures prises dans le cadre de la lutte antiterroriste avec les droits fondamentaux. Ces dernières années, est affirmée la volonté croissante de pérenniser, dans le droit commun, des mesures d’urgence pourtant adoptées dans un cadre spécifique en matière de lutte contre le terrorisme. En effet, au sein de l’ordre juridique interne, s’opère une subtile transposition, au sein des dispositifs de droit commun, d'un certain nombre de pouvoirs exceptionnels consentis dans un cadre extraordinaire et balisé, celui de l’état d’urgence, ce qui emporte des conséquences notables sur l’étendue de la protection des droits individuels et collectifs. Or, il s’agit de mesures qui appellent à une extrême vigilance car elles pourraient contenir en leur sein des éléments contraires à la garantie des droits fondamentaux (profilage par identification, collecte de données personnelles ou encore surveillance de masse). Dans le même sens, sont conduites une politique nationale de lutte contre la radicalisation et la mise en oeuvre de mesures administratives, qui, eu égard à leur intensité, sont susceptibles d’aboutir à une forme de marginalisation politique et sociale de groupes de personnes, incompatible avec les textes constitutionnels et législatifs nationaux, et, à plus forte raison, avec les obligations de la France au titre du droit international des droits de l’homme. Dès lors, mettre en perspective une compatibilité juridique viable revêt tout son intérêt, selon une approche critique, dans un tel contexte de pérennisation des mesures restrictives au niveau national.